除了定期清潔和消毒外，培養箱通常只需要很少的維護。每六個月至一年更換一次HEPA過濾器（參見圖2），具體取決于用戶數量，設備的清潔度以及實驗室和培養箱的設計。
只能通過外殼操作HEPA過濾器，而不接觸過濾介質。在CO2培養箱中更換HEPA過濾器之前，請檢查培養基，以確保沒有破裂或撕裂。HEPA過濾器應位于培養箱中以實現zui佳功能，并且無需使用工具即可輕松更換。每六個月至一年更換一次進氣過濾器（CO 2氣體進入培養箱的地方）。
應使用CO 2分析儀或手持式傳感器（請參見圖3）定期監測CO 2校準，每月一次至每季度一次，具體取決于進出培養箱的流量。
加熱滅菌周期的運行頻率取決于實驗室的清潔度，使用保育箱的人數，開門的頻率以及隔夜關閉保育箱的方便程度。大多數用戶從每月一次到每六個月一次使用此功能。
對于培養箱的維護，zui重要的也許是在水盤中保持高水位。濕度下降導致水從培養基中蒸發。當水蒸發時，生長培養基中精心平衡的鹽，礦物質，氨基酸等會變得太濃，從而導致毒性和細胞死亡。3低濕度也會損壞CO 2傳感器。
